O dia 25 de julho de 2016 foi especial na história da Chapecoense. Na oportunidade, Caio Júnior era anunciado como novo treinador do Verdão. Ele comandou o time de Condá até a final da Copa Sul-Americana e estava no avião que se acidentou a caminho da Colômbia, em novembro de 2016.
Caio Júnior, chegou na Chape aos 51 anos. Ele estava há dois anos fora do Brasil, treinando o Al Shabbab, dos Emirados Árabes Unidos. Como treinador do Verdão, fez 36 partidas e venceu 12 vezes.
Na carreira, Caio Júnior teve passagens por Palmeiras, Grêmio, Paraná, Flamengo e Botafogo. Em Santa Catarina, também treinou o Criciúma.
